明治１２年（１８７９）、町村編成の令にもとづいて、小さい村は組合村となった。神西沖村は大村であるため、１つの戸長役場であった。大島村は知井宮沖村と組合になり、東神西村は西神西村と組合になった。しかし会計は各村別にたてる。ただ事務の便宜上組合をつくったわけである。各村には「議事」というものがいて、村政に参与した。後の村会議員にあたるものである。
この年の１月６日、「郡役所」が設けられた。神門郡役所は今市村（後の今市町）に設けられ、出雲楯縫郡役所は平田町に設けられた。そして、神門郡は佐藤郡次が初代の郡長で、１５年８月まで勤めた。明治１３年１２月３日、平田郡役所は今市に合併され、「出雲神門楯縫郡役所」といった。
また、明治１３年３月の調べによると、小学校は神西東分と大島と神西沖分字原の３か所にあった。この時の教員は３名で、１校１名になっていた。